Het hoogste orgaan binnen de vereniging is de Algemene Ledenvergadering, die minimaal één maal per jaar bijeenkomt. Daarnaast kent de vereniging een bestuur, een convent en zijn er verschillende commissies binnen FMN actief.
Het convent is een raadgevend orgaan waaraan het bestuur beleidsplannen, begroting en rekeningen voorlegt en dat is samengesteld uit bestuur, voorzitters van commissies, kringen, projectgroepen en regio's, hoofdredacteur FMI en directie CFM.
De vereniging kent een regionale structuur: ieder lid is ingedeeld in een regio. Daarnaast is elke verzameling van leden die interesse hebben in een specifiek deel van het vakgebied facility management, maar kan ook bestaan uit leden die werkzaam zijn in dezelfde branche. Voorts kunnen leden een project voor de vereniging uitvoeren en voor dat doel een projectgroep vormen.
Per kring kunnen samenwerkingsverbanden ontstaan met relevante groeperingen. Zo heeft de vakkring Facilitair Inkoop een samenwerkingsverband met de Nederlandse Verenging voor Inkoopmanagement (NEVI).